مجلس یازدهم از زمان روی کار آمدن انتقادات تند و تیزی را در مورد آخوندی مطرح کرده است؛ انتقاداتی که مخصوصا روی عملکرد او در حوزه مسکن مهر متمرکز شده است.

عضو سابق کابینه حسن روحانی معتقد است: در ایران تقریبا پنج دولت داریم و وقتی کشوری پنج دولت داشته باشد کارآمدی و کارآیی در آن بی‌معنی است. آیا مجلس الان به وظیفه‌ی قانون‌گذاری‌اش عمل می‌کند؟ یا کاملا به عنوان دولت رقیب عمل می‌کند؟

عباس آخوندی: پاسخگو بودن مسئولان اصل بنیادین دموکراسی است. افتخار من این بوده که سه بار توسط دو مجلس با اکثریت قاطع جریان سیاسی مقابلم استیضاح شده و شش بار مورد پرسش قرار گرفته‌ام و همواره توضیح‌هایم مجلس را قانع کرده و حتی یک کارت زرد هم در پرونده اینجانب وجود ندارد.

عباس آخوندی: فارغ از تحریم و بحث خرید واکسن _ که این روزها بسیار مورد توجه قرار گرفته _ این سوال مطرح است که آیا تجارت خارجی (صادرات - واردات) بدون الحاق به کنوانسیون FATF ممکن است یا نه؟

عباس آخوندی: طرح اصلاح قانون انتخابات ریاست جمهوری که در مجلس در دست بررسی است، آشکارا مشحون از تبعیض‌های ناروا میان شهروندان و موجب سلب حق از انتخاب شوندگان و انتخاب کنندگان است.