مجلس یازدهم از زمان روی کار آمدن انتقادات تند و تیزی را در مورد آخوندی مطرح کرده است؛ انتقاداتی که مخصوصا روی عملکرد او در حوزه مسکن مهر متمرکز شده است.

عباس آخوندی: وضعیت سیاسی، اجتماعی و اقتصادی ایران بیش از همیشه نگران کننده است. فقر بر گلوی طبقه‌های متوسط و پایین جامعه به شدت پنجه انداخته است. فقر هم امنیت ملی ایران را تهدید می‌کند و هم ایران فقیر امنیت منطقه را بر هم می زند.

عباس آخوندی، وزیر سابق راه و شهرسازی تاکید می کند: نجات صندوق پس‌انداز مسکن و افزایش قدرت خرید، برای دولت بسیار کم‌هزینه‌تر و مؤثرتر از ساخت‌وساز است.

عباس آخوندی: مسکن مهر پردیس شاید بیش از سایر پروژه‌های این طرح بر سر زبان‌ها افتاد. با توجه به اندازه‌ی پروژه‌های آن و نزدیکی آن به تهران و هم‌چنین درگیری آن با مساله‌های گوناگونی چون آماده سازی زمین، و خدمات زیربنایی و روبنایی، و مساله‌های اقتصادی و اجتماعی نمونه‌ی مناسبی برای بررسی است.

شاید از پرنوسان ترین سیاستها در سال‌های‌های اخیر، سیاست‌های مسکن بوده است. به روایت بسیاری از اقتصاددانان، دهان گشاد مسکن مهر، نقشی مؤثر در افزایش حجم نقدینگی و تورم داشت. عباس آخوندی معتقد است مسکن، اولویت دولت‌ها نبوده است و بیشتر گره‌های مسکن نه به دست دولت‌ها، که به دست شهرداری‌ها گشوده خواهد شد...